Santa Elena pertenece al municipio de La Paz, se ubica en el paraje llamado Malguara, a 16 kilómetros del Municipio de Marcala, en la Frontera con El Salvador. Limita al Norte con el Municipio de San Marcos de la Sierra (Departamento de Intibucá), al Sur con los Municipios de Perquín y San Fernando de la Republica de El Salvador, al Este con el municipio de Yarula, al Oeste con el Municipio de San Marcos de La Sierra y Colomoncagua del departamento de Intibucá. Tiene una extensión territorial de 185.8 Km2, Santa Elena se ubica en una altitud entre 800 y 2024 msnm, con una topografías bastante accidentada.

 Fuente: Alcaldía Municipal de Santa Elena 2015

El Municipio de Santa Elena está dividido territorialmente en 8 aldeas y 71 caseríos.

 Fuente: Alcaldía Municipal de Santa Elena 

El 59.5% del uso del suelo es de vocación agrícola, 26.5% es de vocación forestal y el 14% del uso potencial y real del suelo es de áreas protegidas. En relación a la capacidad productiva son suelos aptos para la producción de frutales de altura (manzanas, melocotones, fresas y moras), su capacidad agroecológica pertenece a las clases III y IV. En la mayor parte de las áreas existen bosques de pino asociados con roble, su capacidad productiva permite el cultivo de café, su capacidad agroecológica pertenece al grupo VII. Gran parte de las áreas de bosque se ha deforestado para la producción agrícola (particularmente granos básicos y pastos) y algunas partes están cubiertas por bosque de pino, latifoliados y mixtos.

 Fuente: Alcaldía Municipal de Santa Elena, 2015.

Según la caracterización Municipal realizada en el 2007, muestra que hay tres Micro cuencas, estas son parte de la subcuenca del Río Torola, el cual desemboca en la Cuenca del Río Lempa.

Los principales recursos hídricos del municipio son: El Río Negro, frontera con el Salvador, El Río Santa Elena en la margen izquierda de su cabecera municipal y El Río Guarataro, ubicada en la parte alta de la comunidad de Monte Copado, pasando cerca del casco urbano del municipio, a unos 100 metros de distancia donde actualmente se está trabajando para su protección, en la elaboración de un plan de manejo. Existe la fuente de agua de palo blanco de la cual muchas comunidades reciben agua para consumo.

Fuente: Oficina Municipal Ambiental 2015.

En Santa Elena se cuenta con ocho áreas protegidas declaradas como reserva biológica y cinco áreas productoras de agua (2 declaradas y 3 en trámite), además en estas áreas se exige un aprovechamiento de mercado en función del tipo de protección, ya que gran parte delas parcelas de producción de cultivos y sitios poblados están comprendidas dentro de estas áreas protegidas, por lo que se requiere hacer ajustes a la selección de potenciales y oportunidades de negocio.

Entre la biodiversidad de Flora se encuentra como vegetación predominante en el territorio el pinabete, pino y roble en su mayoría, sin embargo también se encuentra cedro, caoba, laurel, tataskan, guachipilín, ciprés y el liquidámbar. En cuanto a plantas ornamentales sobresalen los helechos, orquídeas, helechos de lirios, chinas. Con relación a las plantas medicinales se encuentran las Zucunan, con (tatascan), guarumo, cola de caballo, falso pimiento, sauco, apasote, entre otros.

La biodiversidad de Fauna está constituida por: venado cola blanca, chancho de monte, tepezcuintes, guatusas, cusucos, monos, pavo de monte, ardillas, tigrillos, león pequeño, coyotes, conejos y gallinas de montaña, también existen garrobos, gatos de monte, taltuzas y zorrillos. Entre las aves se pueden percibir los gavilanes, lechuzas, zanates, zopilotes, palomas, oropéndolas, pericos, gorriones, pájaros carpinteros, chequeques, correcaminos (tatunas), chorchas, jilgueros, codorniz, y taltuzas. Entre las serpientes se pueden encontrar las culebras más comunes como zumbadoras, coral, coral falso, cascabel, vejuquilla, mica, mazacuate.

Algunos animales se encuentran en peligro de extinción como el venado cola blanca, según se registra en Instituto de Conservación Forestal, Áreas Protegidas y Vida Silvestre (ICF, 2009).

Fuente: ICF 2009.